Современные книги организованы в соответствии с определенными правилами, облегчающими пользование книгой. Даже не начав чтение, можно без особого труда составить мнение о содержании книги по определенным формальным элементам практически каждой книги, таким как заглавие, имя автора, оглавление, предисловие (введение, вступительное слово), сноски, индексы и т.д. Найти все эти части книги тем более легко, что их расположение внутри книги обычно соответствует единому общепринятому порядку. Так, имя автора (редактора), заглавие книги, имя издателя или название издательства всегда помещаются на обложке или на титульном листе книги. Оглавление можно найти в самом начале и в самом конце книги. Обращение автора (редактора) к читателю почти всегда находится в начале, непосредственно перед началом основного текста. Комментарии и ссылки печатаются либо прямо на той странице, к которой они относятся, либо в конце текста.

Средневековые рукописные книги, кодексы, следовали похожим, хотя и не тем же самым, правилам. Книга обычно начиналась с заглавия (титула, от лат. titulus, отсюда – „титульный лист”) и, если известно, имени автора.

 На первой странице книги иногда помещалась субскрипция – надпись, отмечающая место и/или дату написания книги и/или имя писца или заказчика книги. И субскрипция, и колофон – надпись похожего содержания, зеркальное отражение субскрипции в конце книги – элементы необязательные, появлявшиеся в средневековых книгах лишь от случая к случаю. В эпоху Возрождения колофон стал употребляться намного чаще прежнего и почти совсем вытеснил субскрипцию. В раннепечатных изданиях колофон стал эмблемой, или маркой издателя. Субскрипция и колофон служат для определения происхождения рукописи.

Зачин (иногда также называется инципит, от лат. incipit, „начинается”) это формула, обозначающая начало текста. В кодексах, содержащих несколько различных сочинений (четыре евангелия, коллекцию проповедей и т. п.), каждое из них обычно имеет свой собственный зачин. Зачин иногда путают с титулом или, еще чаще, с субскрипцией, по той причине, что все они могут начинаться со слова „начинается” (incipit).

По схожей причине эксплицит (лат. explicit, букв., „развернутый”) – формулу, отмечающую конец текста или части текста, - иногда ошибочно путают с колофоном.

Рукописи, приобретенные для монастырской или светской библиотеки, часто помечались особым знаком принадлежности определенному собранию или лицу. Такие знаки, именуемые экслибрис (лат. ex libris, „из книг”), чаще всего помещались в начале книги. Экслибрисы являются бесценным источником информации об исторической судьбе и перемещениях рукописи.

Индекс, или детальное оглавление, появилось в результате радикальной перемены в отношении к чтению. Прежде книги читались целиком, от начала до конца. Это было медленное медитативное монашеское чтение, не подразумевавшее перескакивание с места на место или поиск определенного места в книге. В двенадцатом веке, с подъемом ученой – схоластической – культуры, отношение к чтению изменилось. Студенты, профессора, проповедники, ставшие теперь основными пользователями книг, воспринимали книгу скорее как справочник для консультации по отдельным конкретным вопросам, чем как книгу для прочтения целиком, от корки до корки. Новым пользователям хотелось иметь возможность быстро, не вчитываясь в остальной текст, найти нужное им место в любой, даже очень объемистой книге. Оглавление, предшествовавшее тексту, первый инструмент для нахождения нужной информации, стало, таким образом, обязательным элементом каждой книги, выпущенной в двенадцатом веке. Первые оглавления попросту перечисляли названия глав; более совершенные именные указатели появились позже. Сочинения, подобные „Декреталиям” Грациана, сложному юридическому тексту, предварялись так называемой materia operis, сводным указателем, содержавшим не только пронумерованные заголовки частей книги, но и короткие резюме вопросов, обсуждаемых в каждой отдельной главе и подглавках.

Нумерация страниц далеко не сразу вошла в обычай в средневековом книгопроизводстве. Поначалу только тетради помечались т. н. рекламой. Реклама, первое слово первой строки следующей тетради, обычно помещалась на полях, в нижнем правом углу последнего verso (оборотной страницы) предыдущей тетради. Реклама помогала переплетчику установить правильный порядок тетрадей. Позднее было введено обозначение последовательности тетрадей цифрами или буквами - сигнатурами. Все эти знаки проставлялись тем же писцом, что писал текст, для указания переплетчику, в каком порядке следует сшивать тетради.

Два фактора привели к повсеместному принятию фолиации (нумерации листов): развитие скрипториев, с одной стороны, и изменение функции книги, с другой. К двенадцатому веку количество людей, принимающих участие в производстве книги, неизмеримо выросло по сравнению с ранним Средневековьем. Простая прежде цепочка писец – переплетчик усложнилась появлением промежуточных звеньев: рубрикаторов, миниатюристов, корректоров. Возросла опасность перепутать порядок не только целых тетрадей, но даже и листов внутри одной тетради. С другой стороны, новому поколению читателей, появившемуся в двенадцатом веке, хотелось большей легкости при нахождении нужного места в книге. Фолиация - это нумерация листов (folio) книги, при которой номера присваиваются только лицевой стороне листа (recto). От случая к случаю применявшаяся с античных времен, в двенадцатом веке фолиация стала общепринятым правилом. Существовали разные системы фолиации. Одна из них состояла в маркировке листов особой комбинацией букв, цифр или еще каких-либо знаков (звездочек, точек, кружочков, крестиков и т.п.) таким образом, чтобы сначала шел порядковый номер тетради внутри книги (например, А, B, C, D и т. д.), а после него – порядковый номер листа внутри тетради (Ai, Aii, Aiii до Aviii в первой тетради, Bi, Bii до Bviii во второй тетради и т.д.). Значки фолиации - т.н. колонцифры - помещались в середине нижнего поля и иногда красиво орнаментировались. Занимался нумерацией листов уже не писец: для этого существовал специально назначенный человек, собиравший книгу по листочку по завершении копирования, иллюминирования и корректирования.

Пагинация, или нумерация страниц, подразумевает, что номера присваиваются страницам рукописи, т. е. как лицевой, так и обратной сторонам листа. Эти номера также называются колонцифрами. Непрерывная нумерация страниц от начала до конца книги (т. е., например, с 1 по 348 страницу) появилась в тринадцатом веке и вошла в повсеместную практику в позднем Средневековье.

Помимо фолиации и пагинации, для удобства цитирования в книгах литургического или богословского содержания нумеровались также столбцы текста (в случае, если текст был написан в две и более колонки) и даже строки.